社伝によれば、雄略天皇23年、勅により造高雄束命が伊勢国河曲郡中跡村（現在地）に社殿を2つ造営し、それぞれ都波岐神社・奈加等神社と称したのが起源とされる。

伊勢国の一宮で、祭神は猿田彦命。
日本神話によれば、猿田彦神はニニギの天降りの先導を終えた後、伊勢の五十鈴川の川上に鎮まった。倭姫命世記によれば、その子孫の大田命は天照大神を祀る地として倭姫命に五十鈴川川上の地を献上した。

大田命の子孫は宇治土公（うじのつちぎみ）と称し、神宮に玉串大内人として代々奉職したが、その宇治土公が邸宅内の屋敷神として祖神の猿田彦を祀っていた。

明治時代に入り、神官の世襲が廃止されることになって、屋敷神を改めて神社としたのが猿田彦神社である。

全国約2千社の猿田彦大神を祀る神社の総本社「地祗猿田彦大本宮」は鈴鹿市の椿大神社ということになっている（昭和10年内務省神社局調査）。

椿大神社の宮司は山本という姓で、猿田彦神社の宮司は宇治土公（うじとこ）という姓である。

どちらも猿田彦神・大田命の直系の子孫であると主張している。

『倭姫命世記』によれば宇治土公家こそ猿田彦大神の直系の子孫とされており、猿田彦神社が神宮内宮の近くにあることや、猿田彦大神を祀る各地の神社で椿大神社とつながりのある神社は少数しか存在しないことから猿田彦神社が猿田彦神を祀る神社の総本社と考える者も多い。

なお『延喜式神名帳』に記載されている「椿大神社」は、都波岐神社・奈加等神社とする説もあり論争になっている。